農產品質量安全追溯系統以農產品生產、流通、銷售產品為研究對象，以生產企業直至銷售終端超市或社區便民服務中心為基本模式，分別完成了三個部分的系統設計。

在開發農產品質量安全追溯系統設計中包含三個部分，第一部分時候產品信息錄入，生產廠家可通過終端軟件錄入農產品從土壤耕作、種子選取、發芽、幼苗、開花、結果、收獲、儲藏、運輸等各個階段的土壤養分、溫濕度、光照強度、水質監測、農藥化肥使用、采摘時間、作物名稱、數量等情況進行管理。

第二部分是將各個階段的情況錄入軟件平臺，將數據上傳到中心數據庫，在農產品包裝時，系統通過一定的編碼規則，生成帶有產品生產檔案信息的條碼，這邊是電子標簽，第三部分是消費者買到帶有電子標簽的農產品時，可以將標簽上的條碼輸入質量追思系統中的網站、手機短信、超市掃描機等不同平臺，即可查詢產品情況。農產品質量安全監管部門和消費者都可以查詢與跟蹤商品的追溯結果和所涉及企業的生產、銷售等各個環節，監管部門有效監管農產品安全以及相關農企，消費者也可有效維權。

通過農產品質量安全溯源系統實現了以農業生產者的生產檔案信息為基礎，實現對基礎信息、生產過程信息等的實時記錄、生產操作預警及生產檔案的查詢和上傳等功能的統一管理。